Es scheint mehrere Dateien zu geben, die dauerhaft Einfluss auf die Größe des Terminals nehmen. Die Lösung, die ich nun nutze, ist lxterminal.desktop im Verzeichnis /usr/share/raspi-ui-overrides/applications/. Mit sudo nano o.ä. zum Bearbeiten öffnen und die Zeile Exec=lxterminal um ein  --geometry=80x55 ergänzen (in diesem Fall 80 Spalten und 55 Zeilen).
Quelle(n): raspberrypi.org [abgerufen 2017-07-11]